Kronborg采用Milligan-Morgan分类法，l将肛瘘分为皮下肛瘘、i肛提肌上肛瘘、i马蹄形肛瘘、i高位外部肛瘘、i低位肛瘘和坐骨直肠瘘。也有学者采用Parks分类法，l将肛瘘分为括约肌间肛瘘、i经括约肌肛瘘、i括约肌上肛瘘及括约肌外肛瘘。