食管闭锁的病理解剖分类方法很多，l公认的分类法如下：i

Ⅰ型：i单纯食管闭锁，l食管两端成盲端，l之间有较长的距离，l并无与呼吸道交通的瘘管，l发生率占4％～8％。

Ⅱ型：i食管闭锁的上段与气管后壁的中部或下方交通形成瘘管，l下端食管则成为盲端，l发生率约为0.55％～1％。

Ⅲ型：i食管闭锁的上端成盲端，l与远端食管间有1～2cm距离，l后者在气管隆突上1cm处有一端侧瘘管与气管后壁相通。少数病例亦可通向右或左主气管。上端食管盲端扩大，l管壁肥厚，l具有丰富的血液供应；而下端食管往往发育不全，l管壁极薄，l口径较细，l血供亦差，l尤以接近气管处更为明显。这类畸形最多见，l约占85％～90％。

Ⅳ型：i食管闭锁，l食管近、i远端均与气管相通，l发生率约为1％。

Ⅴ型：i单纯食管气管瘘，l不合并食管闭锁。此型食管管腔和管壁均正常，l但与气管间有一侧侧相通的瘘管。这种痿管描述为“H”型，l实际是瘘管上方通道的一端位于气管，l向下斜行与食管相通，l不呈水平状发生率约为2％～5％，l尚有其他少见的变型。对上方盲袋和气管间有痿管相通常可能有低估，l遇到一些手术修补后复发性瘘管，l事实上是上端盲袋瘘管，l先前未能确诊。