Whittaker11969年提出了五界系统，l将地球上所有的生物划归为5个界，l即原核生物界(kingdom1monera)、i原生生物界(kingdom1protista)、i植物界(kingdom1plantae)、i真菌界(kingdom1fungi)和动物界(kingdom1animalia)。在这个系统中，l真菌因其吸收营养的方式作为自然界的分解者而被认为是一个独立的界。植物具有光合作用，l被看做自然界的生产者；动物则因其以摄食方式获取营养而被视作自然界的消费者。

按Ainsworth11973年的真菌分类系统，l真菌界分为黏菌门和真菌门。真菌门又分为5个亚门：i鞭毛菌亚门(Mastigomycotina)、i接合菌亚门(Zygomycotina)、i子囊菌亚门(Ascomycotina)、i担子菌亚门(Basidiomycotina)、i半知菌亚门(Deuteromycotina)。在这5个亚门中，l与医学关系密切的为接合菌亚门、i子囊菌亚门和半知菌亚门。

接合菌亚门中的毛霉目包括毛霉科、i小克银汉霉科、i被孢霉科等中的一些真菌是条件致病菌，l所引起的感染统称接合菌病(zygomycosis)。其中毛霉科引起的感染称毛霉病(mucormycosis)，l而虫霉科中的固孢蛙粪霉和冠状耳霉所致的皮肤和皮下组织感染称为虫霉病(entomophthoromycosis)。

子囊菌亚门最主要的特征是有性繁殖产生子囊和子囊孢子，l其中半子囊菌纲的内孢霉科和酵母菌科中的少数种被认为是致病性真菌。另一个刚即不整囊菌纲中则包含了许多重要的病原真菌和条件致病菌。多数病原菌分布于裸囊菌科和散囊菌科中，l包括青霉、i曲霉、i小孢子菌属，l以及毛癣菌属和组织胞浆菌等的有性阶段。

半知菌亚门是个形式亚门，l包纳所有不具有或未发现有性阶段的真菌，l包括酵母、i酵母样菌和霉菌，l现已发现的大多数致病真菌都属于半知菌亚门，l所以这个亚门在医学上有重要的意义。绝大多数病原酵母或条件致病性酵母属于芽孢纲中的隐球酵母科的隐球菌属、i念珠菌属、i红酵母属、i丝孢酵母属等。人类或动物的多数病原性或条件致病性及产生真菌霉素的霉菌如皮肤癣菌、i青霉、i曲霉和一部分双相型真菌则属于丝孢纲中的丛梗孢料。一些具天然棕色的真菌称暗色真菌，l如枝孢霉、i交链孢等属于暗色孢科，l又称暗色孢科真菌，l其中一些种能产生真菌毒素或引起人或动物的感染。

放线菌类不属于真菌，l而属于原核生物界。其中放线菌科放线菌属中一些种能引起人放线菌病和足菌肿。奴卡菌科奴卡菌属中的一些种则可引起奴卡菌病和足菌肿。放线菌类中还有其他一些种也能引起足菌肿如链霉菌。因放线菌类引起的感染临床表现酷似深部真菌病，l所以传统上一直这些疾病归入真菌病范畴内描述。

无绿藻的分类地位尚未解决。一般认为无绿藻是植物而不是真菌，l可能是绿藻的变种，l因在进化途中失去了叶绿素而行寄生或腐生生活，l所引起的人或动物的感染称无绿藻病(protothecosis)。

按国际分类法，l真菌按界、i门、i亚门、i纲、i目、i科、i属、i种这个次序排列。这样，l自然界中任何一种真菌都有了一个特定的位置以避免混乱，l便于交流，l也利于研究分析每一个菌种的基本特征及其相互之间的亲缘关系。

真菌的命名采用林奈的双名制，l即属名加种名，l构成学名，l用拉丁文拼写。属名第一个字母必须大写，l用拉丁语名词。种名第一个字母小写，l用拉丁语形容词。

门的词尾为-mycota；纲的词尾为-mycetes；-ales是目的词尾；-aceae为科的词尾；属和种没有固定的词尾。其他亚门、i亚纲、i亚目、i亚科的词尾分别是-mycotina、i-mycetidae、i-ineae和-oideae。