慢性肝炎的病因包括：i慢性乙型肝炎(HBV)、i慢性丙型肝炎(HCV)、i慢性丁型肝炎(HDV)、i自身免疫反应、i药物或毒素。另有少数患者的病因不明，l或称为隐原性。

慢性乙型肝炎可根据血清内HBsAg阳性而诊断，lHBeAg和HBV1DNA阳性常表示为有持续的病毒复制，l如上述两者阴转伴抗-HBe阳性，l常提示疾病为非活动性，l但亦可能为变异株。慢性丙型肝炎的诊断可根据血清抗HCV阳性或HCV1RNA(PCR法)阳性。慢性丙型肝炎可能出现自身抗体，l如抗核抗体和肝、i肾微粒体抗体(抗-LKM)。慢性丁型肝炎同时有HBV感染。自身免疫性肝炎根据血清检查可分成3型，l分别为核抗体(ANA)、iLKM-1和SLA／LP(可溶性肝抗原和肝胰抗原的抗体)阳性。